台湾注册商标在海关备案时，选择国内注册还是WIPO(世界知识产权组织)备案，取决于多个因素。
1、如果商标的保护范围主要局限在中国大陆地区，那么国内注册可能更为合适。国内注册的商标在大陆范围内受到法律保护，可以有效地防止他人侵权。同时，国内注册的商标在海关备案后，可以方便地进行进出口贸易，避免因商标问题导致的贸易纠纷。
如果企业的商标需要在范围内受到保护，或者希望借助WIPO的国际影响力来提高品牌的国际度，那么WIPO备案可能更为合适。WIPO是范围内更具影响力的知识产权组织之一，备案后的商标可以在范围内受到保护，提高企业的品牌价值和市场竞争力。
2、商标注册的费用也是需要考虑的因素之一。国内注册的商标费用相对较低，适合于预算有限的中小企业。而WIPO备案的商标费用相对较高，需要更多的资金投入。因此，如果企业的预算有限，国内注册可能更为合适。
3、选择国内注册还是WIPO备案还需要考虑商标的具体使用情况。如果企业只在中国大陆地区使用商标，那么国内注册可能更为方便和有效。如果企业的商标需要在范围内使用，那么WIPO备案可能更为合适。
综上所述，台湾注册商标在海关备案时选择国内注册还是WIPO备案，需要考虑商标的保护范围、使用情况、预算等多个因素。在具体操作时，建议咨询的知识产权律师或代理机构，以便做出合适的选择。